Der Ort Münchingen ist erstmals 1110 urkundlich erwähnt als Stiftung an das Kloster Detzeln. Wie die Überlieferung berichtet, soll hier ursprünglich nur ein einziger Hof, der Münchhof, bestanden haben. In einer Urkunde bestätigte König Konrad II. im Jahre 1152 die Stiftung des Münchinger Gotteshauses. Das Schloss auf dem Güggelsperg war der Sitz der Herren von Münchingen. In einer Urkunde der Herren von Hewen wird 1270 ein Ritter Peter von Münchingen und 1298 ein Ritter Diethelm von Münchingen genannt.

Als letzter Münchinger Ritter wird Philipp Christophorus genannt. Mit ihm scheint das Adelsgeschlecht erloschen zu sein. Nach zwischenzeitlicher Zugehörigkeit zur Herrschaft Blumberg und Blumegg kam Münchingen wie die umliegenden Gemeinden an die Grafschaft Bonndorf und später an das Kloster St. Blasien. Im Jahre 1806 wurde es badisch. 1696 wurde das jetzige Gotteshaus, das dem hl. Bartholomäus geweiht ist, erbaut und eine Pfarrei errichtet. Diese wurde später allerdings wieder aufgehoben.

Münchingen zählt heute 6 Vereine.